1681
По приказанию патриарха Иоакима Филипповская церковь перестраивается, заново расписывается, снабжается новым полом и иконостасом и становится церковью Двенадцати апостолов.
1666
Состоялся Большой Московский собор, судивший Никона. В Соборе участвовали все русские епископы и известные представители духовенства, а также восточные патриархи. Собор окончательно утвердил церковную реформу и осудил старообрядцев, при этом изверг из сана патриарха Никона как неугодного царю Алексею Михайловичу. Интересная деталь: когда Никона судили в Крестовой палате Патриаршего дворца, в вину ему вменялось в том числе и то, что эту самую палату и этот самый дворец он, Никон, выстроил выше царских палат.
1658
Патриаршие палаты приобрели вид, который сохраняли в общих чертах до отмены патриаршества. На первом этаже сидели дьяки, ведавшие обширным хозяйством патриарха. На втором этаже находилась церковь апостола Филиппа с трапезной, а также несколько палат. Третий этаж занимали покои самого патриарха и келейная церковь. Что касается Филипповской церкви, то поставлена она была над проездом во внутренний двор Патриаршего дворца, а внешне была отчасти похожа на Успенский собор — то же пятиглавие, те же колончатые пояски.
1655
Выстроены новые палаты и церковь, но отделка заняла еще три года. Строили лучшие немецкие мастера, расписывали лучшие мастера русские во главе с царскими изографами: Симоном Ушаковым, Иосифом Владимировым и Федором Козловым. Оригинальная роспись, впрочем, не дошла до нас. Существенно расширена Крестовая палата — приемный зал патриарха. Она теперь стала огромным бесстолпным залом площадью в 280 квадратных метров, что поражало, кстати, иностранцев.
1652
Царь Алексей Михайлович дарит патриарху Никону, своему «другу собинному», старый годуновский «Царе-Борисов» двор, который примыкал к Патриаршему двору с севера. Никон разбирает стоявшие там старые палаты и церковь Соловецких чудотворцев.
1643
Начался этап строительных работ, связанный с именем патриарха Иосифа. Под одной кровлей были возведены Крестовая, Золотая, Келейная и Казенная палаты, а также ряд подсобных помещений. Руководил работами Антипа Константинов, один из строителей Теремного дворца.
1620-ые
Патриарх Филарет восстановил Крестовую и Столовую палаты, срубил деревянные кельи и церкви. В результате дальнейшего строительства Патриарший дворец не уступал по обширности царскому, с которым всегда был связан крытыми переходами.
1626
Патриарший двор сгорел во время очередного общегородского пожара.