1570
Изготавливается один из двух мастерски исполненных и богато украшенных выносных запрестольных крестов. В этот же год опричное войско Ивана Грозного громит Новгород. Непосредственным организатором разграбления архиерейского двора и храмов был Евстафий, протопоп Благовещенского собора. Он же способствовал низвержению святителя Филиппа.
1550-ые
Иван Грозный повелевает возвести над западной частью собора две глухие главки, а на углах галерей — 4 небольшие придельные церкви: в честь Собора Богородицы, Собора Архангела Михаила, Входа Господня в Иерусалим, Василия Неокесарийского (ныне — в честь Александра Невского). Посвящения приделов связаны с политическими событиями того времени: взятием Казани и Полоцка, венчанием на царство Ивана Грозного.
Купола и кровлю покрывают медными позолоченными листами. Примерно таким мы знаем собор сегодня. Тогда же южное, «итальянское» крыльцо щедро изукрашивается резьбой. Это крыльцо служило одновременно входом в Казенную палату и называлось также неофициально «грозненским». Есть легенда, что за грехи Ивану Грозному запретили присутствовать на службе в его собственной домашней церкви, и тогда царь пристроил это крыльцо, чтобы с него слушать службу. Тем не менее, на самом деле крыльцо здесь было изначально, но Иван Грозный действительно был подвергнут епитимье и лишен права входа в церковь. Как вы думаете, за что? За незаконный четвертый брак (с Анной Колтовской), не за пытки и казни.
Кроме того, легенда гласит, что в это время по повелению, опять же, Ивана Грозного укладывается в соборе каменный пол из плиток агатовидной яшмы, которую привезли из Ростова Великого, куда она, в свою очередь, попала из Византии.
А еще предполагается, что в это время создается очень драгоценный и редкий для России того периода выносной запрестольный крест.
1547
Благовещенский собор горит в большом московском пожаре. В частности, погибают росписи. Сразу после пожара вспыхивает народное восстание: тяглый люд истребляет бояр Глинских, родственников Ивана Грозного, ставя им в вину как сам пожар, так и прошлые злоупотребления. Интересно, что народ обвинял бабку царя Анну Глинскую в том, что она подожгла город с помощью колдовства: «княгиня Анна с детьми волхвовала, вынимала сердца человеческие, да клала их в воду, да тою водою, ездя по городу, кропила — оттого Москва и выгорела». Этот навет целенаправленно распространялся группой бояр, среди которых затесался и протопоп Благовещенского собора, царский духовник Федор Бармин.
Буйная толпа пролетариата подступала и к царскому дворцу в Воробьеве, требуя выдать оставшихся в живых Глинских, однако кончилось дело тем, что царь казнил нескольких зачинщиков мятежа, причем не распространителей клеветы о колдовстве, а обывателей. Интригующие же бояре были уничтожены много позже и по другому поводу.
По окончании восстания к Ивану Грозному с обличительной речью обратился Сильвестр, новый протопоп Благовещенского собора. Он «опустил царя с небес на землю» и убедил его, что пожар — это божья кара за неправедные поступки царя. Вскоре Сильвестр стал одним из лидеров «Избранной рады», под влиянием которой в середине XVI века проведено несколько важных реформ. Кроме того, Сильвестр известен как составитель и автор «Домостроя» — обширного сборника правил и наставлений на все случаи жизни.
